Pertenecía a la dinastía Fatimí, y fue proclamado califa a la "tierna" edad de 11 años, aunque ya apuntaba maneras, ya que a los 15 años ordenó decapitar a sus tutores por miedo a que le arrebataran el poder. A partir de ahí, comenzó un reinado lleno de extravagancias y de terror para sus súbditos.
Los primeros años de su mandato no soportaba la luz del sol y gobernaba de noche, obligando a mantener la ciudad de El Cairo iluminada hasta el amanecer y a sus habitantes a dormir durante el día. Durante las noches, recorría montado en una mula las estrechas callejuelas repletas de tiendas del barrio Khan al Khalili (hoy es conocido como uno de los barrios más turísticos de la ciudad) comprobando obsesivamente que las antorchas estaban encendidas, que los portales estaban limpios y que los sistemas de pesos y medidas de los comercios no estaban trucados.
Al-Hakim era un tradicionalista firme, que publicó una serie de leyes, incluyendo la prohibición de la mulukhiyah, un plato egipcio característico, comer uvas, incluso la prohibición del ajedrez. Prohibió a los pescadores coger cualquier pescado que no tuviera ninguna escama y prohibió a la gente vender o comer tales pescados.
Cualquier detalle que no fuera de su agrado podía terminar con un terrible castigo. Incluso ordenó sacrificar a todos los perros de la ciudad porque sus ladridos le desconcentraban en sus paseos nocturnos. Con los años, su locura se exacerbó, prohibió a sus súbditos usar zapatos, llorar a los muertos y que coincidieran ambos sexos en el mismo comercio. Decapitó a miles de presos solamente porque con tanta represión no cabían en las cárceles. Además, comenzó una época de intolerancia hacia las otras religiones nunca vista antes en el Islam: cristianos y judíos eran obligados a portar pesadas cruces de madera al cuello los primeros y una campanilla los segundos.
En 1014 ordenó a las mujeres no salir a la calle, y a los zapateros no hacer zapatos de mujer. Mató a su tutor Abul Qasim Said ibn Said al-Fariqi y a la gran mayoría de sus visires. La mayor parte de esos visires eran cristianos. Algunos de ellos sirvieron como médicos también. Al-Hakim también mató a muchos altos funcionarios, así como a los humildes. Éstos incluyen los visires, jueces, poetas, médicos, encargados del palacio, cocineros, primos, soldados, judíos, cristianos, e incluso cortaban las manos de esclavas en su palacio. En algunos casos, él mismo hacía la matanza. Hizo que los cristianos y los judíos usaran un sombrero negro.
Terminó ordenando la destrucción de iglesias y sinagogas, (aunque algunas se salvaron de su orden porque los propios soldados fueron incapaces de cumplirlas, como fue el caso de la iglesia de la Natividad). En el año 1009, dio una orden que cambió el rumbo de la historia: la destrucción de la iglesia del Santo Sepulcro de Jerusalén, que desencadenó la proclamación de la Primera Cruzada y el inicio de un periodo marcado por las guerras religiosas y su gran repercusión en la política y la cultura europea.
Al-Hakim desapareció en 1021 en un viaje a lomos de su burro por las colinas de Muqattam sin ninguna guardia protectora. El burro fue encontrado después cerca de un pozo cubierto con sangre. Se cree que su hermana Sitt al-Mulk empleó a asesinos para matarlo debido a un conflicto entre ellos. El conflicto comenzó cuando su hermana le pidió que parara con su política, porque eso ponía en riesgo la continuidad de la dinastía. En respuesta, acusó a su hermana de adulterio y entonces ella decidió actuar primero, antes de que él la castigara. Aunque probablemente murió, los drusos creen que fue escondido por Dios y que volverá como el Mahdi el día del juicio.
Hakim, el califa loco